办公室
负责行政、文秘、机要、对外接待等日常运转工作；承担相关政策研究、后勤服务和保障等工作。
人力资源部
负责中心人力资源规划与管理、岗位设置、人事档案、教育培训、退休人员管理等工作。
财务部
负责条码收费、预算决算、内部审计、国有资产管理等工作。
编码管理部
负责物品编码及商品条码成员的注册、续展、注销、信息变更、档案管理，全国物品编码分支机构的日常管理和年度考核等工作。
成员服务部
研究、建立和维护条码工作服务体系和服务规范；指导、监督和管理分支机构对系统成员的服务工作；组织实施对系统成员的服务。负责《条码与信息系统》杂志的编辑、出版和发行工作。
技术研究部
负责科研管理、标准归口管理、物品编码与自动识别技术的研究和相关标准制修订工作；承担重点领域的研究、技术支持等工作。承担全国物品编码标准化技术委员会、全国物流信息管理标准化技术委员会、全国信标委自动识别与数据采集标准化分技术委员会秘书处工作。
应用推广部
负责物品编码、商品条码、产品电子代码及自动识别技术在各行业和重点领域的应用推广工作；负责中心宣传、国际交流与合作、外事管理、国际动态跟踪等工作。承担中国ECR委员会秘书处工作。
质量检测部
负责开展条码、射频识别等自动识别测试技术研究、商品条码质量市场调查和质量改进工作；组织实施商品条码印刷企业资格认定工作；向社会提供条码、射频识别产品的质量检验服务及技术培训。承担国家条码质量监督检验中心和国家射频识别产品质量监督检验中心的日常管理工作。
信息化部
负责物品编码与商品条码信息资源的综合开发利用、商品条码信息数据库及中国商品信息服务平台的建设与维护等工作。承担中心网站、办公自动化、数据中心等信息化建设工作。
党委办公室
承担中心党务、纪检监察、精神文明建设、工会、计划生育及妇女等工作。